Putu Wijaya merupakan anak bongsu daripada lapan beradik (tiga dari mereka yang berlainan bapa). Beliau tinggal di sebuah kompleks perumahan yang besar dengan kira-kira 200 orang yang semuanya ahli keluarga yang sama, dan membaca. Minatnya dalam kesusasteraan bukan berasal dari keluarga terdekatnya tetapi keluarganya, dan sebagai pelajar sekolah rendah, beliau membaca karya klasik seperti Anton Chekhov dan William Shakespeare.[2] Bapanya, I Gusti Ngurah Raka, berharap untuk Putu menjadi seorang doktor, tetapi Putu lemah dalam ilmu alam. Beliau menggemari sejarah, bahasa dan geografi. Sebagai seorang kanak-kanak, beliau biasa menyelinap keluar untuk melihat drama tarian tradisional atau wayang.[2] Tetapi tidak sampai sekolah menengah, ketika mengambil bahagian dalam persembahan Anton Chekhov The Bear, bahawa cintanya untuk teater bermula.[2]

Tidak lama selepas beliau menamatkan sekolah menengah pertama karya penerbitannya diterbitkan dalam Suluh Indonesia, dan beberapa tahun kemudian karyanya muncul di lajur Fajar majalah Mimbar Indonesia.[6] Dalam lima tahun, esei dan ceritanya telah diterbitkan di dalam Minggu Pagi dan Majalah Djaya.[6]

Selepas menamatkan pengajian di sekolah menengah, Putu Wijaya meneruskan pendidikan tertiari di Yogyakarta, belajar di Akademi Seni Halus Indonesia dan Akademi Seni Drama dan Filem sebelum menamatkan pengajian dengan ijazah undang-undang dari Universiti Gadjah Mada.[1] Semasa di Yogyakarta, beliau terlibat dalam teater dan membuat persembahan di beberapa kumpulan teater termasuk Bengkel Teater dan Sanggar Bambu.[2] Pada tahun 1969, Lautan Bernyanyi dianugerahkan tempat ketiga dalam pertandingan drama-drama yang dianjurkan oleh Agensi Pembangunan Teater Nasional Indonesia.[2]

Dari Yogyakarta, Putu berpindah ke Jakarta di mana beliau memulakan kerjaya sastera semasa bekerja sebagai wartawan di majalah Tempo dan Zaman.[1] Beliau kekalkan minatnya dalam teater, selepas berpindah ke Jakarta, menyertai Teater Kecil dan Teater Populer.[2]